计算机#山东大学计算机科学与技术学院科研亮点#基因组重组

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时间：2020-07-2718:30:30

基因组的重组距离是推演物种演化历史的重要证据
。上世纪九十年代初 ，加拿大院士DavidSankoff最先将基因组重组抽象为Reversal(翻转) 、Translocation(移位)
、Tranposition(转位)等三种基本的改变基因相对位置的重组操作
，后来又衍生出BlockMove(块移动)、DoublecutandJoin(DCJ 、二次切割并连接)
、CutandPaste(切割再粘贴)等新的重组操作。自此，如何用指定的重组操作将一个基因组转化为另一个基因组的重组距离问题 ，成为理论计算机科学及计算生物学研究的典型问题
，其算法与计算复杂性被广泛而深入的研究 。

智能算法与软件课题组对此类问题展开深入研究并取得若干重要成果
。证明了基因组移位排序重组问题是NP-难的，并先后设计了近似性能比为1.75、1.5+的近似算法 ，相关结果发表在JCSS(IF1.106) 、IEEE/ACMTrans.ComputationalBiologyandBioinformatics(IF1.616)等高期刊杂志上。设计了基因组DCJ排序重组问题的1.5-近似算法，相关结果发表在高水平杂志Bioinformatics(IF5.323)上 。设计了基因组CutandPaste重组问题的2.25-近似算法
，发表在高水平杂志发表在JCSS(IF1.106)
。

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